Mégalo city en 2058.
d'étranges créatures sèment la terreur dans la ville.
après avoir été grièvement blessé par l'une d'entre elle, ken, un jeune policier est devenu un borgman, un ètre humain cybernétisé qui peut à tout moment revétir une armure spécial.
il lutte désormais aux cotés de kurtz et sarah, pour délivrer sa soeur elisa capturée par le maitre, personnage mystérieux qui semble diriger l'ensemble des opération.
quel est le but du maitre ? pourquoi ses victimes sont-elles retrouvées vidées de leur sang ?
Un dirigeable est attaqué par des pirates. Sheeta, jeune fille prisonnière d'hommes mystérieux, profite de l'occasion pour tenter de s'échapper et tombe dans le vide. Le pendentif qu'elle porte au cou s'illumine soudainement, sa chute est ralentie et elle descend doucement vers le sol où elle atterrit dans les bras d'un garçon du même age qu'elle nommé Pazu.
Pazu, ce jeune garçon travaillant dans une mine, voit sa vie paisible changer par une nuit où il la voit descendre en flottant, et la rattrape. Venant la sauver, la rassurer et la réconforter, durant tout le long de leur voyage, Pazu, va se retrouver être le protecteur de Sheeta tel un ange gardien. Tous deux se lient d'une forte amitié et amour l'un pour l'autre. Pazu raconte à Sheeta qu'il recherche la légendaire ville flottante "Laputa", symbole d'une civilisation utopique rempli de pureté et de nature toute-puissante mais qui a aujourd'hui disparue.
Mais les hommes poursuivant Sheeta ne tardent pas à la retrouver. Aidée par Pazu, elle va tenter de leur échapper et de découvrir cette mystérieuse ville céleste.
